制冷系統的保護主要是壓縮機的保護。一般有壓力、壓差保護、溫度保護、水套斷水保護等。

壓縮機的自動保護有兩個方面:一是制冷系統的聯鎖保護(不是壓縮機本身的事故導致的壓縮機不能啟動或事故停車的保護裝置);二是壓縮機的自身保護。

在壓縮機的壓力、壓差保護和斷水保護中，由于保護裝置的感受部位均與制冷劑直接接觸，故反應速度比較快，也較準確。在溫度類的保護裝置中，由于感溫部分在大多數情況下只和制冷劑間相接觸，管路中制冷劑的溫度要通過管壁等才能傳至傳感器的感溫包，所以溫度的感受時間長。

在冷藏庫安裝以后，要對制冷系統進行檢漏、試壓、抽真空、充注制冷劑等操作，并對系統進行全面的調試，即對整個制冷系統的自控和設備運轉進行全面的檢查和調整，其調整依據是制冷系統的自控流程圖。只有在全面地調整以后，冷藏庫方可進入正常的運轉使用。