水預冷的最大問題是易引起果蔬的腐敗。產生的原因主要是預冷后的產品帶有較多的細菌。這些細菌大多數為低溫性細菌，它們在土壤、空氣中都能見到，即使在0~10℃下預冷，也會生長和繁殖。

    水預冷引起果蔬腐敗變質與冷卻后產品的瀝水不充分有直接的原因。若在運輸和貯藏中包裝物內濕度過大，加之通風不良，經過一定時間后，水分蒸發、品溫上升，就會產生惡性循環，使果蔬腐敗。

    另外，果蔬在產地或運輸中產生碰傷，在水預冷后，就會加速果蔬的腐爛。因此，在采摘、加工中要輕拿輕放，防止損傷。