內藏式機械冷藏集裝箱由設有隔熱結構的集裝箱和箱內制冷裝置組成。在任何場合，只要有電源供電，開啟制冷機，箱內即可保持所必要的溫度。為了便于聯運，有些內藏式機械集裝箱還設有發電機組或柴油壓縮機組。內藏式機械冷藏集裝箱風管短，各箱溫度又可以任意調節(一般-18~12℃)，所以被認為是較理想的冷藏集裝箱。這種集裝箱因設有專門制冷設備，調節部件多。而且每個系統均要有進新鮮空聲(和疏水管系等，故結構復雜、造價高。

內藏式機械冷藏集裝箱的制冷機的工作和冷風循環，如圖29-22所示。通常，制冷機組裝在箱的端頭，冷風由風機從一端送入箱內。在較多情況下，若箱體過長(超過8m)，為保證箱內溫度均勻，則采用兩端同時送風。此時，將冷風機端的冷風之一部分，通過風管引至另一端吹送。為了貨物裝卸方便和箱容的有效利用，其風管多采用帆布或各種塑料的軟風管。近年來，新設計的內藏式機械集裝箱，趨于下送上回的冷風循環。下設鋁合金送風軌道作箱底離水格柵之用，并提高箱體結構強度。又為了減小自重，箱體外壁采用合金鋁材，內壁選用薄不銹鋼板。

內藏式機械冷藏集裝箱的箱體結構和冷風吹送方式見圖29-23。