為使機組安全、可靠、正常地運行，螺桿式機組的微機控制系統根據自身的特點，建立了機組的開機、停機與再循環程序。
機組開機后，微機要執行一系列的開機檢查，檢查機組各安全保護系統及報苦系統，確定機組各參數是否都在規定的范圍內。如檢驗通過，則依次完成冷水泵開啟，冷卻水泵開啟，冷水流量與冷卻水流量檢驗等一系列程序，直至壓縮機起動，機組進入正常的運行狀態。
機組接到手動關機命令后，按順序，首先關閉壓縮機，隨后根據壓縮機電動機電流的衰減情況，關閉冷卻水泵，再延時關閉冷水或鹽水泵。如果關機過程中出現某些異常，則關機程序將被改變。如關機時冷凝水進水溫度大于某一溫度，則微機控制算法將會另外決定主機停機后，何時關閉冷卻水泵。
機組停機程序能夠保證機組的正常停機。壓縮機在低負荷工況運行時，可能會使機組循環關機。這是由于壓縮機的最低制冷量可能會大于外界所需要的熱負荷，當壓縮機運行時，冷水溫度持續下降，最終導致關機。等冷水溫度回升后，再重新開機。這種循環稱為再循環，完成這個功能的程序稱為再循環程序。當機組處于再循環程序運行時，冷水泵將繼續開啟。
除手動關機外，系統還設有安全關機，即故障關機。它的關機程序與手動關機程序基本相同，所不同的是微機屏幕將顯示關機的原因，同時報警指示燈連續閃亮。安全關機必須按復位按鈕才能解除報警信號。
螺桿式機組的開機、關機與再循環程序中，機組各部件的運行順序見表50-16及表50-17。
