冷凍干燥的基本過程如下。

①制品的制備（前處理）：如藥物的培養、滅菌、分裝、洗瓶、半加塞等，食品原料的挑選、清洗、切分、滅酶、分裝等。

②制品的凍結（預凍）：將制品凍結成固態。

③第一階段干燥（升華干燥）：將制品中的冰晶以升華方式除去。

④第二階段干燥（解吸干燥）：將殘留于制品的水分在較高溫度下蒸發一部分，使殘余水分達到預定要求。

⑤密封包裝：已干制品一般應在真空或充惰性氣體條件下密封包裝，以利于儲存。