在凍干機中使用最多的制冷壓縮機是活塞式、螺桿式制冷壓縮機。

活塞式制冷壓縮機工藝成熟、效率高，使用溫度范圍廣，適合于多種制冷劑，在中、小型凍干機中應用十分廣泛。其缺點是結構復雜；易損件較多；對濕壓縮和液滴的沖擊較敏感；壓縮比大時，容積效率降低很大，因此低溫運行時制冷量小；排氣溫度增高，有時可達130~150℃，從而使潤滑油和制冷劑分解；由于是往復運動，報動大。螺桿式壓縮機則相反，結構簡單；易損件少；不易產生液擊；壓縮比大時，容積效率降低小，因而低溫工況運行時仍有較大的制拎量；可以用油冷卻轉子；排氣溫度可以控制在70一100℃以內；因是回轉運動，故振動小且可無級調節冷量；但轉子齒形形狀復雜，制造精度要求高，需特殊加工設備加工，價格較貴：

應用時制冷量不宜過小。螺桿式制冷壓縮機適合于大、中型凍干機中使用。現在凍干機中仍以活塞式居多，但近年螺桿式在大、中型凍干機中逐步增多起來。