由酶引起的變質酶是生物體內的一種特殊蛋白質生物催化劑，酶與被作用的基質結合形成一定的中間產物后，基質分子內建的結合力便會減弱，從而降低反應的活化能，酶能促使化學變化的發生而不消耗自身，具有高度的催化活性。

絕大多數食品來源于生物界，尤其是鮮活食品和生鮮食品，在其體內存在著具有催化活性的多種酶類，因此食品在加工和貯藏過程中，由于酶的作用，特別是由于氧化酶類、水解酶類的催化會發生多種多樣的酶促反應，造成食品色、香、味和質的變化。另外，徽生物也能夠分泌導致食品發酵、酸敗和腐敗的酶類，與食品本身的酶類一起作用，加速食品變質腐敗的發生。

無論是動物性食品或是植物性食品，它們本身都含有酶，進行生化反應的速度隨食品的種類而不同。例如，魚類引起本身組織酶的作用，在相當短的時間內經過一系列中間變化，使蛋白質水解為氨基酸和其他含氮化合物及非含氮化合物，脂肪分解生成游離的脂肪酸，糖原酵解成乳酸。由于魚體組織中氨基酸一類物質的增多，為腐敗微生物繁殖提供了有利條件，使魚類的品質急劇變壞，以致不能食用，這是酶引起的不良作用。畜肉生化過程進行緩慢，性畜經屠宰放血后，停止對肌肉細胞供給氧氣，破壞了肌肉組織的新陳代謝及正常的生理活動，停止了生命活動，體內氧化酶的活動減弱，自行分解的酶活動加強，自行分解的酶在有機磷化物參加下很快地將糖原變成乳糖，磷化物形成正磷酸。由于乳酸和磷酸的積聚，使肉呈酸性反應，這時肉成僵硬狀態，堅硬干燥，不易煮爛。僵硬以后，肉中乳酸量繼續增加，又使肌肉變得柔軟、富有汁液，具有肉香味，較易煮爛。從僵硬到柔軟的過程稱為肉的成熟，雖然肉的成熟能改善肉類本身的質量和風味，但也為肉的腐敗創造了條件。原因是經過成熟的肉呈酸性，不利于腐敗細菌的繁殖，但如果繼續在較高溫度條件下保存，蛋白質在蛋白酶的作用下分解產生氨，使肉呈堿性，為腐敗細菌創造了有利的生長環境，引起肉類腐敗變質。蔬菜類蛋白質含量少的食品，由于氧化酶的催化，促進了呼吸作用，使綠色新鮮的蔬菜，變得枯萎，發黃，失去了原有的風味；同時由于呼吸作用的加強，溫度的升高，加速了蔬菜的腐敗變質。另外霉菌、酵母、細菌等微生物對食品的腐敗作用，也是這些微生物活動過程中產生的各種酶引起的緣故。

常見的與食品變質有關的酶主要是脂防酶、蛋白酶、果膠酶、淀粉酶、過氧化物酶、多酚氧化酶等。因酶的作用引起的食品腐數變質現象中較為常見的是果蔬的褐變、蝦的黑變、脂質的水解和氧化以及魚類、貝類的自溶作用和果蔬的軟爛等。