當冷藏集裝箱用于運輸果蔬等易腐食品時，由于果蔬的呼吸作用而產生有害的氣體，氣體的數量和類型視果蔬品種而定。這些氣體若不排出，會導致生理紊亂或加快腐壞（氣調冷藏箱除外）。為保證箱內空氣質量，冷藏集裝箱一般都裝有新鮮空氣換氣風門格柵裝置，換氣的主要作用是排出冷藏集裝箱中貨物呼吸作用產生的有害氣體。

排氣的過程是將冷藏集裝箱內貨物區的一定量空氣排到外部，并從冷藏集裝箱外吸入等量空氣。換氣的工作原理是利用冷藏集裝箱制冷裝置蒸發器風機所產生的風機前后壓差，進行自動換氣，即從位于風機吸入端的低壓部位吸入外界新鮮空氣，而從壓力側排出箱內空氣。需交換的空氣量由經校準的換氣風門格柵的打開程度而定。換氣風門不應在冷藏溫度-12℃以下的狀況下使用，否則進入的空氣中帶有濕氣，則可能會導致結冰，尤其影響與空氣輸送出口直接相鄰的產品，冰塊會損傷貨物并有可能中斷空氣流動。

冷藏集裝箱的換氣量可以根據需要進行調節，不同類型冷藏集裝箱的新鮮空氣交換設置均有明文規定的指導方法。新鮮空氣交換量取決于所運輸產品狀況以及儲存溫度，在一定程度上，還取決于包裝種類和冷藏集裝箱內的堆裝方式，新鮮空氣交換的數量是以立方米/時表示，通常40英尺的冷藏集裝箱換氣風門的換氣量，可在0~300立方米/時之間，根據需要進行調節。由于換氣會增加冷藏集裝箱的熱負荷，因此在保證貨物運送質量的前提下，應盡量減小換氣風門開度，減少換氣量。按照國際慣例，一般換氣量由貨物托運人來決定。