冷藏集裝箱內(nèi)部的貨物堆裝方式，對冷藏集裝箱內(nèi)部氣流組織的影響較大。由于氣流總是向流動阻力最小處流動，因此，要保證冷藏集裝箱內(nèi)部良好的氣流組織分布，必須做到：在任何情況下冷藏集裝箱內(nèi)部的貨物裝載高度都不能超過最高貨物裝載線，以確保冷藏集裝箱內(nèi)部有足夠的回風(fēng)通道，使氣流能順利地返回到制冷裝置。在任何情況下都不能有直接裸露的T形風(fēng)軌，必須使冷藏集裝箱整個底部處于被貨物或其他遮蓋物覆蓋的狀態(tài)。在貨物裝載量不足時，在未被貨物包裝箱覆蓋區(qū)域，必須用硬板紙等將底部全部覆蓋住，使送入冷藏集裝箱底部T形風(fēng)軌的冷風(fēng)只能從貨物裝載區(qū)向上流動，并從貨物內(nèi)部或表面吹過，帶走熱量，形成良好的箱內(nèi)流量循環(huán)。

由于果蔬等貨物在運(yùn)送過程中存在呼吸現(xiàn)象，一般多用有透氣孔的包裝箱裝載，因此，在裝載果蔬類冷藏貨物時，應(yīng)注意使上下箱的透氣孔對齊，從而使冷卻空氣能從對齊的透氣孔穿過，帶走貨物所釋放的熱量。對于在運(yùn)送過程中不產(chǎn)生熱量的冷凍貨，一般用密封的包裝箱包裝，由底部T形風(fēng)軌送入的冷風(fēng)，僅僅從冷凍貨的外部吹過，帶走通過箱壁傳入的熱量，保證貨物處于低溫狀態(tài)。

冷藏集裝箱在貨物裝箱前無須進(jìn)行預(yù)冷，除非當(dāng)從有密封門的冷庫中裝貨時才有必要進(jìn)行預(yù)冷，否則不但造成不必要的能量浪費(fèi)，而且由于在貨物裝載過程中，大量外界熱濕空氣進(jìn)入冷藏箱內(nèi)，產(chǎn)生凝水，對貨物造成損害。